Οι αλλεργίες στη σοκολάτα είναι δυνατές αν και είναι σπάνιες. Το αλλεργικό φαινόμενο στην περίπτωση αυτή προέρχεται από τις πρωτεΐνες του κακάου. Το αλλεργικό άτομο που το παίρνει τότε αντιμετωπίζει δυσκολία στην αναπνοή, έχει πονοκεφάλους, εξανθήματα, ταχυκαρδία, κνησμό και αίσθημα καύσου στο στομάχι.
Αυτά τα συμπτώματα μπορούν επίσης να παρατηρηθούν σε άτομα που είναι αλλεργικά στα στοιχεία που απαρτίζουν τη σοκολάτα (ξηροί καρποί, πρωτεΐνες γάλακτος κ.λπ.), ακόμα και αν δεν είναι πραγματικά αλλεργικοί στο ίδιο το κακάο.